私は以前不動産登記の仕事をしていたことがあります。
行政書士は不動産登記の申請書を作ってはいけないため、行政書士事務所での勤務ではありません。

その時、銀行員の方からなぜ建築確認の床面積と不動産登記上の床面積が違うことがあるのかと質問を受けたことがあります。
これは床面積算出の根拠法令の違いによるものです。

建築確認は建築基準法上の床面積を算出します。
強度などが重要なため、どこに壁があるか間取りなども重視されます。
不動産登記は、不動産登記法上の床面積で、どのような建物が建っているかや税金の算出根拠になるもので、間取りなどは重視されません。

同じ建物でも算出根拠が異なるため、異なる床面積が表示されることがあるのです。

もちろん、どちらかが間違っているということもあるため確認は慎重に。