永住の在留資格や帰化を申請する際、日本に住所を定め継続して住んでいることが要件となります。
実際に長く日本に住んでいるにもかかわらず、出国の仕方に気をつけなかったがために日本に継続して住んでいる期間が途切れてしまう方がいらっしゃいます。
ご本人はみなし再入国許可を得て出国しているので継続していると思っていますが、出国期間が長いために継続要件が認められなくなるケースです。
具体的には

１　1回の出国が3ヶ月を超える場合
２　年間の出国日数が合計１５０日以上の場合

のいずれかに該当すると居住の継続要件が途切れていると判断される可能性が高いです。
これは再入国許可を受けていても同じです。

反対に上記の期間を超えなければ、母国に帰国したり海外旅行したりしても日本に継続して居住していると認められるわけです。
それから帰化申請前に永住の在留資格を取得している方は出国する際はみなし再入国許可ではなく、事前に申請する本来の再入国居を取って出国することをお勧めいたします。

みなし再入国許可というのは空港で出国の際出入国カードにチェックを入れて再入国をする方法です。
ほとんどの方はみなし再入国許可で出国されていると思います。
これに対し事前に申請をする正式な再入国許可というものもあります。
こちらは通常５年間は再入国できます。特別永住者は６年間です。

以前このブログでも書きましたが、みなし再入国許可は１年という期限があり、この期限には延長という制度がありません。
病気であろうが事故であろうが１年以内に帰国できなければ、永住の在留資格を失うことになります。
出国するときは１年以上海外に滞在する予定がなくても、病気や事故で１年以内には帰国できなくなるということがあるのです。
他の在留資格であればともかく、既に永住の在留資格があるのであれば、正式な再入国許可を取ってから出国することをお勧めいたします。

帰化後は既に日本人ですので再入国許可は必要ありません。念の為。