外国人の方が、日本で会社を設立して経営したリ、お店いを開業する際、以前は短期滞在の在留資格で入国し、取得したい在留資格の在留資格認定証明書交付申請をして一度出国し、海外で証明書を受取り査証申請をして再び入国するという手続きでした。

これが現在は直接、在留資格認定証明書交付申請を日本で行えるようになっています。

ただし、日本で会社を設立したり、お店を開く場合、不動産物件は確保しなければなりませんから、日本に銀行口座がなかったり、住民票がなかったりすると契約することが難しい場合が多いです。
会社の場合は資本金を振り込むためにも銀行口座が必要となります。

そのため外国人の方が海外にいるままで手続きを完結することができない場合があり、実際に日本に会社を設立したり、お店を開いたりする場合、日本に協力者がいないと手続きを進めにくいということになります。

日本の協力者は会社設立後に役員を外れてもらうことは可能ですが、個人のお店の場合、契約当事者になっていると簡単に契約変更できな可能性があるのでご注意ください。
法人の場合は会社役員などの個人と法人は法的に別人格ですが、個人営業の場合は同じお店に関わっていても、別人であれば当然法的にも別の法人格だからです。